מחלקת ההון האנושי במועצה אמונה על המשאב החשוב ביותר – עובדי המועצה. תחומי האחריות המרכזיים של המחלקה כוללים תכנון אסטרטגי והתווית המדיניות בכל הנוגע למערך העובדים, ליווי תהליכים ארגוניים, ניהול תהליכי איתור, גיוס וקליטה, ניהול תקינה ושכר, פיתוח מקצועי והדרכה, טיפוח רווחה ארגונית, וניהול דיני עבודה ויחסי עבודה.